Historie františkánského kláštera a kostela sv. Maří Magdalény je úzce spjata s dějinami kláštera františkánů, který byl po kázáních Jana Kapistrána v roce 1451 vystavěn před hradbami Brna, na rovince před dnešními Denisovými sady, dříve zvanými Františkov. Při klášteře stál kostel sv. Bernarda Sienského, proto se tamním mnichům říkalo Bernardini.

 

V roce 1643 hrozilo Brnu švédské obležení a klášter s kostelem byl z obranných důvodů zbourán. Mnichům byl přidělen kostel sv. Maří Magdalény v bývalé židovské čtvrti. Na jeho místě postavili v letech 1651– 1654 nynější kostel sv. Maří Magdalény. Mnichům byly věnovány čtyři domky v blízkosti kostela, na jejíchž místě si vletech 1654–1671 vystavěli klášter. Roku 1672 vznikla při klášteře ještě nemocnice s lékárnou. Roku 1673 byl klášter s kostelem vysvěcen.

 

V letech 1677–1704 byl celý klášter štědrostí brněnské šlechty a městské aristokracie bohatě vyzdoben a opatřen rozsáhlou knihovnou a archivem. Roku 1746 byla ke kostelu přistavěna věž. V roce 1748 byly klášterní

budovy zvýšeny o jedno patro. Za vrcholného období roku 1756 žilo v klášteře 55 mnichů. Bylo zde slavné františkánské řádové učiliště a bernardini měli pověst výborných kazatelů. 

 

Dne 31. května 1787 byl klášter z rozkazu Josefa II. zrušen a kostel povýšen na farní. Klášterní budova připadla z větší části vojenskému eráru, menší část ponechána potřebám farního duchovenstva. Po zrušení kláštera docházelo k postupné devastaci konventních budov, která vyvrcholila v polovině 19. století, kdy byl areál zasažen požárem. Při následných opravách byly pořízeny zcela nové strohé fasády. Do nik v průčelí kostela byly přeneseny barokní sochy ze zaniklého kostela sv. Mikuláše.

 

V roce 1912 brněnský biskup usadil při kostele řeholníky Kongregace Nejsvětější Svátosti – Eucharistiány, kteří začali pravidelně vystavovat eucharistii. V roce 1950 byl konvent násilně zrušen komunisty. Během socialistického režimu spravovali kostel různí kněží a kanovníci, především však z Petrova. Mezi lety 1991–2007 zde působili bratři Nejsvětější Svátosti - Petrini, pokračovali v pravidelném sloužení mše svaté, eucharistické adoraci a zpovídání. V současnoti je kostel pod římskokatolickou duchovní správou, která je součástí farnosti u sv. Janů. V roce 2014 prošel kostel opravou. Byla vyměněna okna, osvětlení s kompletní elektroinstalací a byla provedena celková výmalba.

 

V porevolučních letech probíhaly snahy o obnovu klášterních budov. V letech 1989–1992 byl vypracován projekt na přestavbu konventu na loutkové divadlo a byly započaty stavební práce, ty však byly roku 1992 z důvodu nevyjasněných restitučních požadavků zastaveny a stavba zakonzervována. V současnosti jsou chátrající objekty v soukromém vlastnictví a čekají na svou obnovu.