Klášter založený v roce 1240 byl nazývaný herburským, dle jeho zakladatelky řádové sestry Herburgy. Z mnohých pozemků, získaných klášterem, zmíním koupi pozemku z roku 1258, ze kterého se postupem času stal park Lužánky. Klášter s kostelem Panny Marie byl v roce 1279 vypálen za při přepadení města vojáky Rudolfa Habsburského, a musel být stavěn znovu. Před zánikem zchudlý klášter zachránili brněnští dominikáni - převzali nad ním patronát. Klášteru se nevedlo ani v pohusitské době. V roce 1500 zachvátil požár a v roce 1524 byl získán městem. V roce 1578 byl konvent definitivně opuštěn, převorka Kateřina Školastika se dvěma jeptiškami odešla do Pustiměře, kde konvent zanikl. Ještě téhož roku Rudolf II daroval opuštěný klášter včetně majetků jezuitům ke zřízení koleje.

 

Přestavba podmáčeného kláštera na jezuitskou kolej započala před rokem 1593. Nový kostel Nanebevzetí Panny Marie byl vystavěn v letech 1596-1602 v manýristickém slohu pod vedením římského jezuitského architekta Giuseppe Brizzia. Počty jezuitů rostly. V roce 1603 bylo v Brně 70 jezuitů z toho 22 noviců. S vypuknutím stavovského povstání byli z Brna vyhnáni a kostel byl přeměněn v bratrskou modlitebnu. Zpět se vrátili se po porážce stavů v roce 1621, kostel byl znovu vysvěcen a o rok později byl při koleji zřízen seminář pro chudé chlapce. V roce 1631 byla ukončena první etapa budování největšího církevního komplexu ve městě, kterému muselo ustoupit 21 domů. Komplex se dále rozšiřoval až do roku 1773, kdy papež Klement XVI pod nátlakem evropských panovníků řád zrušil. Jezuitské gymnázium bylo zestátněno, byla zde otevřena nová německá hlavní škola a zřízen sirotčinec. Později zde sem byla z olomouce přemístěna univerzita, studijní komise, šlechtická kolej, kněžský seminář a stavovská akademie. V roce 1782 kolej sloužila jako kasárna a ke kostelu byla převedena vojenská duchovní správa.

 

Při probíhající asanaci historického jádra byl v roce 1904 rozsáhlý areál mimo kostel a portál koleje rozbořen. Byl to největší asanační zásah v Brně. Za 2. světové války byl kostel zasažen při bombovém útoku na Brno, v letech 1945-1952 byl rekonstruován. Dnes je kostel zpět ve správě jezuitů, kteří jsou pro město významní pastorací vysokoškolských studentů, činností Vysokoškolského katolického hnutí a působením na biskupském gymnáziu.